В июне 1947 г. в Министерстве здравоохранения СССР был проведен первый «суд чести» над этими учеными, а во все парторганизации страны направлено закрытое письмо ЦК ВКП(б) «О деле профессоров Клюевой Н.Г. и Роскина Г.И.».
В письме ЦК ВКП(б) констатировал, что это громкое дело зримо свидетельствует о серьезном неблагополучии морально-политического состояния советской интеллигенции, зараженной болезнью низкопоклонства и пережитками «проклятого прошлого», которые умело используют агенты иностранных разведок для достижения своих гнусных целей. Письмо заканчивалось предложением создавать «суды чести» по всем аналогичным проступкам, и вскоре они были созданы во всех научных и учебных заведениях страны, в государственных учреждениях, министерствах, творческих союзах и действовали на протяжении последующих двух лет.
2) На втором этапе (1948—1949) кампания борьбы с безродными космополитами стала приобретать ярко выраженный антисемитский характер. Если поначалу космополитами зачастую представлялись анонимные приверженцы определенных научных направлений и течений, например, школы академика А.Н. Веселовского в литературоведении или школы академика М.Н. Покровского в исторической науке, то со временем среди безродных космополитов все чаще стали фигурировать представители еврейской интеллигенции.
По мнению ряда современных авторов (В. Кожинов, А. Вдовин, А. Барсенков), такая ситуация была вызвана целым рядом объективных причин, а не просто пещерным антисемитизмом И.В. Сталина, который якобы питал особую ненависть к этой нации.
а) Традиционно евреи были представлены в рядах советской интеллигенции большим удельным весом, во много раз большим, чем в населении самой страны, и активно участвовали в политической и идеологической борьбе по разные стороны баррикад. Например, среди заведующих отделами, лабораториями и секторами разных отделений Академии наук СССР их численность составляла 25―58%, в Институте истории АН СССР — 36%, а в Союзе писателей СССР — 33%. В такой ситуации любые сколько-нибудь значительные идеологические баталии и давление на советскую интеллигенцию со стороны власти представлялись как явления, носящие сугубо антисемитский характер.
б) Подрывной деятельностью Еврейского антифашистского комитета (ЕАК), созданного при советском информационном бюро в 1942 г. Первоначально этот комитет, который возглавил известный театральный режиссер С.М. Михоэлс, действительно оказал определенную помощь в общей борьбе с германским нацизмом, став своеобразной пропагандистской машиной и адресатом финансовой помощи различных еврейских структур и организаций за рубежом. Однако вскоре сразу после окончания войны мировое еврейство, прежде всего, сионисты всех мастей, стали неслыханно раздувать свою репутацию единственных мучеников нацизма и активно сочинять лживую теорию холокоста — сознательного геноцида немецкими нацистами исключительно еврейского народа. Участие в этой пропагандисткой кампании приняли и многие члены ЕАК, в частности, известные писатели И.Г. Эренбург и В.С. Гроссман, которые в 1946 г. опубликовали в американском издательстве свою «Черную книгу» о геноциде еврейского народа в годы войны.
Эта теория холокоста, напрямую противоречащая официальной советской доктрине о злодеяниях нацистов против всех народов мира, в том числе славян, была отрицательно воспринята советским политическим руководством. Еще большее неприятие И.В. Сталина, А.А. Жданова, Г.М. Маленкова и других советских лидеров вызвало незаконное требование видных деятелей ЕАК (С.М. Михоэлс, И.С. Фефер, П.Д. Маркиш) о создании еврейской автономии в Крыму и активная поддержка ими созданного государства Израиль, который с самого начала занял откровенно проамериканскую позицию. Однако самым поразительным для И.В. Сталина стал тот факт, что эти притязания лидеров ЕАК и их особые восторги по поводу создания Израиля активно поддерживали жены двух старейших членов Политбюро и его ближайших соратников В.М. Молотова и К.Е. Ворошилова — старые большевички П.С. Жемчужина и Е.Д. Горбман.
В ноябре 1948 г. Еврейский антифашистский комитет был распущен, а в начале 1949 г. были арестованы все его кураторы и руководители, в том числе С.А. Лозовский, И.С. Фефер, В.Л. Зускин, Л.М. Квитко, Л.С. Штерн, С.Л. Брегман, И.А. Юзефович и П.Д. Маркиш. Затем по делу ЕАК было заведено уголовное дело, которое завершилось в августе 1952 г. осуждением и расстрелом практических всех его руководителей и главных идеологов мирового сионизма.
3) На третьем этапе (1949) этой кампании одну из главных ролей стал играть первый секретарь МГК и МК ВКП(б) и секретарь ЦК Г.М. Попов, который в январе 1949 г., будучи на приеме у И.В. Сталина, доложил ему, что на пленуме Союза писателей СССР при прямом попустительстве Агитпропа ЦК группа еврейских писателей и литературных критиков во главе с А.М. Борщаговским предприняла антипатриотическую атаку на генерального секретаря СП А.А. Фадеева и сделала попытку сместить его с этого поста. И.В. Сталин пришел в ярость от этой информации и дал прямую установку отразить эту «типичную антипатриотическую атаку на члена ЦК товарища Фадеева».
Под руководством Д.Т. Шепилова была срочно подготовлена статья «Последыши буржуазного эстетства», которая после сталинской редактуры была опубликована в газете «Правда» под названием «Об одной антипатриотической группе театральных критиков». Вслед за этой статьей был дан целый залп газетных статей под характерными подзаголовками: «Эстетствующие клеветники», «До конца разгромить антипатриотическую группу театральных критиков», «Против космополитизма и формализма в поэзии», «Космополиты в кинокритике и их покровители», «Безродные космополиты в ГИТИСе», «Против космополитизма в музыкальной критике», «Решительно разоблачать происки буржуазных эстетов», «Против космополитизма в философии», «Разгромить буржуазный космополитизм в киноискусстве», «Обличение космополитических диверсантов», «Изгнать буржуазных космополитов из советской архитектурной науки», «Убрать с дороги космополитов», «Против буржуазного космополитизма в литературоведении» и другими.