12 октября 1964 г. под председательством Л.И. Брежнева собрался Президиум ЦК, на котором было решено обсудить ряд вопросов нового пятилетнего плана с участием Н.С. Хрущева и отозвать с мест его последнюю записку «О руководстве сельским хозяйством в связи с переходом на путь интенсификации», которая в середине июля 1964 г. была разослана во все регионы страны.
После окончания этого заседания Л.И. Брежнев (или М.А. Суслов) позвонил Н.С. Хрущеву в Пицунду, куда он перебрался из-за плохой погоды в Крыму, и настойчиво попросил его прервать свой отпуск и срочно вернуться в Москву для обсуждения неотложных вопросов по сельскому хозяйству. Н.С. Хрущев первоначально отказался от этого приглашения, но затем, посовещавшись с отдыхавшим вместе с ним А.И. Микояном, заказал свой самолет и утром вылетел в Москву.
В современной литературе (С. Хрущев, Р. Медведев) существует известная версия, что якобы первоначально Н.С. Хрущев собирался вылететь из Пицунды в Киев, где, опираясь на поддержку лично преданного ему командующего Киевским военным округом генерала армии П.К. Кошевого, должен был возглавить борьбу против «заговорщиков» внутри ЦК, но затем под давлением А.И. Микояна он отказался от этой затеи и вылетел в Москву. Эта ходячая байка легко опровергается тем обстоятельством, что вскоре после свержения Н.С. Хрущева в январе 1965 г. Петр Кириллович Кошевой пошел на повышение и был назначен главкомом самой престижной в Вооруженных силах СССР Группы советских войск в Германии (ГСВГ), а в апреле 1968 г. был удостоен маршальского звания.
Когда днем 13 октября самолет с премьером на борту приземлился во Внуково, то вопреки сложившемуся протоколу, у трапа самолета Н.С. Хрущева и А.И. Микояна встречали только председатель КГБ СССР В.Е. Семичастный и секретарь Президиума Верховного Совета СССР М.П. Георгадзе. С аэродрома все проследовали в Кремль, где уже началось заседание Президиума ЦК, которое продолжалось до вечера 14 октября, т.е. времени созыва Пленума ЦК, члены которого накануне прибыли в Москву.
Протокол этого заседания не велся и о содержании состоявшегося разговора можно судить лишь по отрывочным конспективным записям заведующего Общим отделом ЦК В.Н. Малина и мемуарам ряда его участников, в частности, П.Е. Шелеста, А.Н. Шелепина, Г.И. Воронова и В.В. Гришина. Все выступавшие члены Президиума и Секретариата ЦК, в частности, М.А. Суслов, А.Н. Косыгин, Г.И. Воронов, Д.С. Полянский, А.Н. Шелепин и другие в резких выражениях стали обвинять Н.С. Хрущева в попрании ленинских принципов коллективного руководства, хамском поведении по отношению к своим коллегам по руководящим органам партии, крупных провалах во внешней и внутренней политике, в недопустимых реорганизациях партийно-государственного аппарата, которые привели к настоящему управленческому хаосу, и т.д. Для Н.С. Хрущева все это оказалось настолько неожиданным, что вначале он вел себя достаточно самоуверенно, постоянно перебивал выступающих, бросал язвительные реплики и т.д. Но вскоре ему стало ясно, что все заранее предрешено, что все члены высшего руководства выступают единым фронтом против него, и он сразу сник. Ситуацию не помогло сгладить даже примиренческое выступление А.И. Микояна, который предложил оставить за Н.С. Хрущевым хотя бы один из занимаемых им постов. Все были решительно настроены на полную отставку Н.С. Хрущева со всех постов. Когда самому Н.С. Хрущеву стало окончательно ясно, что он проиграл, он заявил своим коллегам, что бороться с ними не будет, выступать на Пленуме ЦК тоже не будет, извинился за свою грубость и попросил написать за него заявление об отставке с любой подходящей формулировкой, которое он подпишет.
14 октября 1964 г., всего за пару часов до начала работы организационного Пленума ЦК, было принято постановление Президиума ЦК, в котором говорилось: «Признать, что в результате ошибок и неправильных действий тов. Хрущева Н.С., нарушающих ленинские принципы коллективного руководства, в Президиуме ЦК за последнее время создалась совершенно ненормальная обстановка, затрудняющая выполнение членами Президиума ЦК ответственных обязанностей по руководству партией и страной». Кроме того, в этом постановлении Н.С. Хрущев обвинялся в том, что он проявляет нетерпимость и грубость к товарищам по Президиуму ЦК, пренебрежительно относится к их мнению и допустил ряд крупных политических ошибок в практическом осуществлении линии, намеченной решениями XX, XXI и XXII съездов партии.
После завершения горячей «дискуссии» в конце заседания Президиума ЦК были приняты следующие решения:
• посты первого секретаря ЦК КПСС и председателя Совета Министров СССР впредь не совмещать;
• рекомендовать Пленуму ЦК избрать первым секретарем ЦК КПСС тов. Л.И. Брежнева;
• учредить пост второго секретаря ЦК и назначить на этот пост тов. Н.В. Подгорного;
• рекомендовать Верховному Совету СССР назначить на пост председателя Совета Министров СССР тов. А.Н. Косыгина;
• поручить тов. М.А. Суслову от имени Президиума ЦК сделать доклад на Пленуме ЦК и прений по этому докладу не открывать.
В связи с последним обстоятельством необходимо обратить внимание на тот факт, что по данным ряда историков (Р. Пихоя), в реальности были подготовлены два альтернативных доклада Президиума ЦК, тексты которых сохранились в архиве «секретной папки Политбюро ЦК». Первый доклад, который готовился группой А.Н. Шелепина — Д.С. Полянского, содержал в себе очень подробный и аргументированный перечень всех главных провалов хрущевского экономического курса и волюнтаристской внешней политики, поставившей мир на грань ядерной катастрофы. Другой доклад, который, вероятнее всего, готовился в личном аппарате Л.И. Брежнева или М.А. Суслова, носил не столько политический, сколько эмоционально-психологический характер, где упор делался на личных негативных качествах Н.С. Хрущева. Именно этот доклад и был зачитан на Пленуме ЦК, что, по мнению тех же авторов, красноречиво говорило о том, что в закулисной борьбе за власть победу одержала менее радикальная группировка Л.И. Брежнева — М.А. Суслова, которая затем окончательно обретет всю полноту власти в стране.