По мнению многих либеральных авторов (Г. Попов, В. Попов, Н. Шмелев, Р. Медведев, А. Шубин, Р. Пихоя), относительное замедление темпов социально-экономического развития страны, признаки которого стали наблюдаться уже на исходе восьмой пятилетки, во многом объяснялось сознательным «скручиванием» «косыгинской реформы» в самых верхних эшелонах власти. Советская директивная экономика и тоталитарная политическая надстройка смогли довольно быстро и легко нейтрализовать все ее позитивные результаты, поскольку консервативная часть высшего руководства страны, прежде всего, Л.И. Брежнев, М.А. Суслов, Н.В. Подгорный, Д.Ф. Устинов, А.П. Кириленко и П.Е. Шелест, с самого начала усматривали в ней реальную угрозу политической стабильности в стране и падения роли партийного аппарата во всей властной вертикали. Поэтому для них Пражская весна 1968 г. стала самым зримым подтверждением этой вполне реальной угрозы, и используя чехословацкие события как удобный повод для решительных действий, «охранители догматической идеологии» начали откровенно и резко скручивать реформу уже в конце 1960-х гг. По мнению тех же авторов, главной причиной краха «косыгинской реформы» все же стало то, что сама тоталитарная модель советской экономики, отвергая все передовое и новое, уже исчерпала свой исторический ресурс. Она могла еще какое-то время развиваться по инерции, но в исторической перспективе была, безусловно, обречена, поскольку существовавшие условия организации и управления советским производством не могли обеспечить реального решения объективно стоящих перед советской экономикой задач.
Данная оценка грешит явной однобокостью и передергиванием фактов, поскольку хорошо известно, что еще во второй половине 1960-х гг. эта реформа была подвергнута резкой критике именно «слева», со стороны влиятельной группы советских экономистов, авторов так называемой «системы оптимального функционирования экономики» (СОФЭ), которые в тот период «окопались» в Центральном экономико-математическом институте АН СССР. Именно они, в частности, директор ЦЭМИ академик Н.П. Федоренко и доктора экономических наук С.С. Шаталин, И.Я. Бирман и А.И. Каценелинбойген, которых активно поддержал входивший в политический фавор директор Института США и Канады АН СССР Г.А. Арбатов, предложили в качестве альтернативы «косыгинской реформе» создать «конструктивную экономико-математическую модель социалистической экономики». Впервые сама эта концепция была представлена на научной конференции в Институте экономики АН СССР в 1967 г, и по мысли ее разработчиков, будучи альтернативой «описательной» политэкономии социализма, должна была полностью вытеснить товарное производство, заменив его системой экономико-кибернетических операций. Сознательно политизируя чисто научную дискуссию, авторы СОФЭ прямо ставили в вину А.Н. Косыгину и его команде реформаторов непростительные уступки империалистам, заигрывание с Западом, «предательство» идей социализма, «перетаскивание на советскую почву чуждых нам идей конвергенции», чем реально содействовали торможению, а затем и затуханию этой «рыночной» реформы.
Их оппоненты из числа ведущих сотрудников Института экономики АН СССР (Е.И. Капустин, Я.А. Кронрод, Л.И. Абалкин) и Госплана СССР (Н.К. Байбаков, А.В. Бачурин, Н.П. Лебединский) якобы убедительно разоблачили миф о СОФЭ и доказали всю ее несостоятельность на расширенном совещанием в Госплане СССР, которое состоялось в апреле 1970 г. Более того, чуть раньше, в 1968 г., качестве реальной альтернативы СОФЭ Главный вычислительный центр (ГВЦ) и Научно-исследовательский экономический институт (НИЭИ) Госплана СССР под руководством академика А.Н. Ефимова на основе собственной экономико-математической модели межотраслевого баланса создали «Автоматизированную систему плановых расчетов» (АСПР). Однако к тому времени «косыгинская реформа» уже «приказала долго жить» и стала достоянием истории.
По мнению ряда современных авторов (Р. Пихоя), фактический отказ от проведения экономической реформы был зафиксирован в декабре 1969 г. на очередном Пленуме ЦК, где в итоговом постановлении вновь был сделан акцент на привычные командно-административные рычаги управления народным хозяйством страны и заявлено о необходимости усиления борьбы со злостным нарушением государственной и трудовой дисциплины, максимального использования всех резервов производства, усиления режима экономии и т.д.
Как справедливо отметили некоторые авторов (Л. Абалкин, В. Павлов, С. Семанов, А. Вдовин, Л. Маше-Суница, М. Еремина), процессу свертывания «косыгинской экономической реформы» способствовали и многие существенные недостатки, которые были присущи ей самой, поскольку:
1) она предоставляла предприятиям вполне широкое поле для маневра, но не создавала рачительного хозяина, ибо господство государственной собственности сохраняло прежнее отчуждение работника от основных средств производства;
2) ущербность этой реформы во многом определялась абсолютизацией прибыли как обобщающего экономического показателя, поскольку ее можно было получать как за счет оптимизации производства, так и путем искусственного повышения цен и выпуска менее качественной продукции;
3) фонд заработной платы стал целиком зависеть не от объема товарной продукции, а от численности работников предприятия, поэтому применение округленно-уравнительного принципа планирования фонда зарплаты вело к тому, что сокращение численности работников автоматически уменьшало и фонд зарплаты;