В сентябре 1979 г. в НДПА произошел очередной раскол, в результате которого произошел государственный переворот: Н.М. Тараки был отстранен от власти, а затем убит, и новым председателем Революционного Совета стал организатор этого переворота премьер-министр Хафизулла Амин. Новый глава ДРА, будучи жестоким и предельно циничным политиком, вскоре развязал в стране настоящий «революционный» террор и стал тайно заигрывать с эмиссарами ЦРУ. Правительство в Кабуле стало быстро терять свое влияние в провинциях, власть в которых начала стремительно переходить под контроль вождей местных кланов и племен, которые сформировали собственные вооруженные отряды, способные оказывать достойное сопротивление правительственным войскам. Уже к концу 1979 г. антиправительственная оппозиция, выступавшая под традиционными исламскими лозунгами, контролировала 18 из 26 провинций страны. Более того, возникла вполне реальная угроза падения кабульского правительства и превращение Афганистана в один из военных плацдармов США, находящегося на границах СССР.
В этой ситуации так называемый правящий «триумвират», в состав которого входили три самых влиятельных члена Политбюро ЦК — председатель КГБ СССР Ю.В. Андропов, министр обороны СССР Д.Ф. Устинов и министр иностранных дел СССР А.А. Громыко, приняли решение о вводе ограниченного контингента советских войск в Афганистан. И хотя ряд высокопоставленных военных, в частности, начальник Генерального штаба маршал Н.В. Огарков, начальник Главного оперативного управления Генштаба генерал армии В.И. Варенников и главком Сухопутных войск генерал армии И.Г. Павловский в категорической форме возражали против ввода войск в Афганистан, всесильный «триумвират» смог убедить Л.И. Брежнева принять их сторону.
14 декабря 1979 г. на заседании Политбюро ЦК под председательством Л.И. Брежнева было принято решение о вводе на территорию Афганистана ограниченного контингента советских войск, костяк которого должны были составить части и соединения 40-й общевойсковой армии Туркестанского военного округа, которым командовал генерал-полковник Ю.П. Максимов. Во исполнение принятого решения уже в конце декабря 1979 г. в Афганистан прибыл 154-й («мусульманский») батальон 15-й ОБР спецназа ГРУ, руководимый майором Х.Т. Халбаевым, а затем осуществлен ввод первого эшелона войск 40-й армии под командованием генерал-лейтенанта Ю.В. Тухаринова.
27 декабря 1979 г. бойцы спецназа КГБ СССР (группа «Альфа») под руководством полковника Г.И. Бояринова в ходе молниеносной операции «Шторм» штурмом взяли президентский дворец, уничтожили президента X. Амина и привезли с собой нового руководителя страны Бабрака Кармаля, который стал новым генеральным секретарем ЦК НДПА и президентом ДРА.
В январе―марте 1980 г. части 103-й гвардейской воздушно-десантной дивизии под командованием генерал-майора И.Ф. Рябченко подавили антиправительственные мятежи регулярных афганских войск в Кабуле, Нахрине и Асмаре. В результате этих событий в апреле 1980 г. Конгресс США санкционировал «прямую и открытую помощь» афганской антикабульской оппозиции, которая начала активно создавать собственные базы боевиков во всех уголках страны.
В апреле ― августе 1980 г. части 201-й мотострелковой дивизии под командованием полковника В.А. Степанова провели три крупных войсковых операций в провинции Кунар, Панджшерском и Машхадском ущельях, где нанесли ряд крупных поражений отрядам лидера «северного альянса» Ахмад Шаха Масуда, однако полностью взять под контроль ситуацию на севере Афганистана им не удалось. В этой ситуации в сентябре 1980 г. новым командующим 40-й армии был назначен генерал-лейтенант Б.И. Ткач, на долю которого пришлись и разработка первых крупных общевойсковых операций, и полноценное обустройство наших войск на всей территории сопредельной страны.
В апреле ― июне 1981 г. части и соединения 201-й мотострелковой дивизии полковника В.А. Дрюнова и 66-й мотострелковой дивизии полковника О.Е. Смирнова успешно провели новую Панджшерскую операцию в провинции Парван и Джелалабадскую операцию в провинции Нангархар, где в труднодоступном районе афгано-пакистанской границы взяли штурмом крупный укрепленный район моджахедов Тора-Бора. В декабре 1981 г. советские и афганские войска под руководством начальника штаба 40-й армии генерал-майора Н.Г. Тер-Григоряна разгромили базовый лагерь оппозиции в ущелье Дарзаб в провинции Джаузджан. Однако общая ситуация в Афганистане продолжала стремительно ухудшаться.
Весь 1982 г. на территории страны шли тяжелые бои с отрядами афганских моджахедов в провинциях Кандагар, Парван и Каписа. Советские войска вынуждены были вновь проводить две крупных операции в Панджшерском ущелье, однако реального улучшения ситуации не произошло. Центральное афганское правительство по-прежнему контролировало только Кабул и еще ряд крупных городов страны, в частности, Герат, Кандагар и Джелалабад, но большая часть Афганистана находилась под контролем отрядов антикабульских моджахедов. В создавшейся ситуации в ноябре 1982 г. в Москве прошли первые переговоры нового Генерального секретаря ЦК КПСС Ю.В. Андропова с президентом Пакистана М. Зия-уль-Хаком, от исхода которых во многом зависел вопрос афганского урегулирования. Как и ожидалось, они завершились полным провалом.
Вмешательство СССР в афганский конфликт вызвало всеобщее осуждение со стороны руководства США, Китая и государств Западной Европы. С резким осуждением Москвы выступили и руководители всех ведущих западноевропейских коммунистических партий. Самым серьезным последствием афганских событий стало резкое обострение всей международной обстановки. Вашингтон стал подозревать, что Советский Союз готовится к прорыву в район Персидского залива, чтобы установить полный контроль над его богатейшими нефтяными ресурсами. Поэтому в начале января 1980 г. президент Дж. Картер направил обращение в Сенат США с просьбой снять с ратификации подписанный в Вене советско-американский договор ОСВ-2, который так никогда и не был ратифицирован. Одновременно американская администрация официально заявила, что будет оставаться в пределах ограничений, согласованных в Вене, если Советский Союз будет следовать ее примеру. В результате этого острота конфликта была немного сглажена, однако прежней «политике разрядки» пришел конец, и напряженность в советско-американских отношениях стала нарастать как снежный ком.