В июне 1987 г. на заседание Политбюро ЦК был вынесен очередной вопрос «О переводе объединений, предприятий и организаций отраслей народного хозяйства на полный хозяйственный расчёт и самофинансирование», вокруг которого опять развернулись горячие споры. Например, не возражая против самой этой идеи, председатель Совета Министров РСФСР В.И. Воротников резонно заметил, что в нынешних условиях, когда многие промышленные предприятия имеют дефицитный бюджет, переход к полному хозрасчету и самофинансированию грозит или банкротством этих предприятий, или искусственным взвинчиванием цен как самого простого способа повышения собственной рентабельности.
Сразу после этих событий М.С. Горбачев и А.Н. Яковлев уединились в Волынском-2, где, по свидетельству горбачевского помощника А.С. Черняева, стали готовить новый доклад к Пленуму ЦК, который по своему значению сами приравняли «к ленинскому докладу о переходе к новой экономической политике» в марте 1921 г.
Во время подготовки этого Пленума ЦК между генсеком и премьером впервые возникли серьезные разногласия, которые дошли до взаимных обвинений и даже оскорблений. Более того, в ходе одной из приватных бесед Н.И. Рыжков прямо поставил вопрос ребром: или наиболее радикальные предложения убираются из проекта решений Пленума ЦК, или он уходит в отставку. Сам М.С. Горбачев утверждал, что главное разногласие между ним и Н.И. Рыжковым было связано с тем, что перевод предприятий на самоокупаемость и хозрасчет приведет к тому, что будет разрушена вся система планового хозяйства и потеряет смысл весь пятилетний план, который надо будет либо в корне пересмотреть, либо вообще отменить. Н.И. Рыжков же утверждал, что суть разногласий состояла в том, что М.С. Горбачев и его команда собирались не только перевести все предприятия на полный хозрасчет и самофинансирование и отказаться от директивного планирования, но и с января 1988 г. полностью отпустить все социально значимые цены и отдать ценообразование на откуп «свободному рынку», которого в стране просто не существовало в принципе. Не желая раньше времени идти на раскол в высшем руководстве партии, М.С. Горбачев вынужден был пойти на уступки, и за неделю до Пленума ЦК на встрече с Н.И. Рыжковым, А.Н. Яковлевым, В.А. Медведевым, Н.Н. Слюньковым, В.И. Болдиным и А.С. Черняевым, которая прошла в Волынском-2, согласовать компромиссный вариант экономической реформы.
В конце июня 1987 г. состоялся новый Пленум ЦК, на котором были рассмотрены два вопроса:
1) задачи партии по коренной перестройке управления экономикой и
2) созыв XIX партконференции.
Основные положения одобренной Пленумом ЦК экономической реформы состояли в следующем:
а) директивное планирование было решено заменить на индикативное, то есть рекомендательное;
б) основой взаимоотношений предприятий и государства должен был стать государственный заказ;
в) производимая сверх госзаказа продукция могла реализоваться предприятиями по договорным ценам;
г) предполагалось увеличить размер оставляемой в руках предприятий прибыли;
д) отменялись все прежние ограничения на размер заработной платы и т.д.
Было принято решение, что осуществление этой реформы будет проводиться поэтапно, в течение двух ближайших лет.
Решения июньского Пленума ЦК КПСС представляли собой лишь начало более радикальных экономических реформ, поскольку в сентябре 1987 г. один из главных разработчиков этой реформы академик А.Г. Аганбегян откровенно заявил, что «мы пока не собираемся создавать акционерный капитал и выпускать акции... мы пока развиваем и углубляем рынок потребительских товаров, создаем новый для нас рынок средств производства и оптовую торговлю ими, намечаем реформу цен. Если ко всему этому мы еще создадим рынок капитала, биржи, то это может нас вывести из экономического равновесия». Таким образом, переход предприятий на хозрасчет и самофинансирование рассматривался лишь как первый шаг на пути к созданию многоукладной рыночной экономики.
Июньский Пленум ЦК принял и новые кадровые решения, которые укрепили позиции горбачевской команды:
• полноправными членами Политбюро ЦК стали А.Н. Яковлев, Н.Н. Слюньков и В.П. Никонов;
• кандидатом в члены Политбюро ЦК вместо отставного маршала С.Л. Соколова стал генерал армии Д.Т. Язов.
Кроме того, Пленум ЦК принял беспрецедентное решение о созыве в следующем году XIX партийной конференции, которая целиком должна была сосредоточиться на одном-единственном вопросе — коренной реформе всей политической системы страны. Многие социальные слои советского общества связывали с июньским Пленумом ЦК большие надежды на изменения экономической ситуации к лучшему, однако вскоре стало очевидно, что отказ от советских методов планового хозяйства и принятые нововведения резко ухудшили экономическую ситуацию в стране, а вместе с ней и всю психологическую атмосферу в обществе.
Осенью 1987 г. споры внутри руководства партии выплеснулись наружу. В начале сентября 1987 г. на заседании Политбюро ЦК, которое в отсутствие М.С. Горбачева вел второй секретарь ЦК Е.К. Лигачев, между ним и Б.Н. Ельциным вспыхнул острый конфликт, связанный с тем, что партийный руководитель Москвы перестал согласовывать свои политические шаги с Секретариатом и Политбюро ЦК. После произошедшей перепалки Б.Н. Ельцин направил М.С. Горбачеву, отдыхавшему в своей новой крымской резиденции «Форос», «сопливое письмо», в котором, высказав личную обиду на тов. Е.К. Лигачева, его «негодный» стиль управления и организованную им травлю, поставил вопрос о своей отставке с постов первого секретаря МГК КПСС и кандидата в члены Политбюро ЦК.